三元九运与玄空飞星都是中华传统风水学的基础理论，它们均是中国古代祖先经过长期的实践和理论研究所总结出来的。
而这两种风水理论之间也有着紧密的关系。
三元九运是中国古代关于“天、地、人”三个方面之间相互作用规律的结论。
三元九运大致可以分为天元、地元、人元三大部分。
天元主要是指天象、天时、气候等与天体有关的因素；地元主要是指土地、地貌、地形、地理等与地球有关的因素；而人元则是指人的行为、思想、情感等与人有关的因素。
三元九运中的“九运”则是建立在天元和地元的基础上，基本上是把紫微星等九个星宿与天干、地支进行组合而成的，可以影响到人们的运势。
三元九运以此来预测人的命运、事业、财富等方面，是中国传统的风水理论之一。
而与三元九运所不同的是，玄空飞星则是中国古代传统的秘术之一。
根据不同年份的世纪岁星、月星、日星、时星，以及不同的地理位置，将它们分布在不同的房间、方位、门窗等各个位置上。
这些星宿的布局规律可以影响到房屋内的居住者的心理、思想和气场，进而达到改善人们的工作、学习、生活环境及环境风水阴阳配合达到目的的效果。
三元九运和玄空飞星做为风水学的两个基础理论，两者的本质都是为了改善生活环境，促进人的身心健康。
在实践中的运用，两个理论之间的联系还是相当密切的。
在布局风水方面，玄空飞星中的星宿的选择也要与三元九运中的宜忌相互协调，这样才可以给住户带来良好的运势。
例如在三元九运中，一只螳螂通常是不吉利的面相，如果恰好出现在飞星的吉利星宿处，那么就需要通过在风水布局上进行调整，比如利用壁龛、绿色植物、水族箱等来形成压制的效果；有时出现凶方向在住房正门上，那么可以通过在住房前增加河流、广场、堤坝等来安全化解凶煞。
综上所述，三元九运与玄空飞星虽然各自有着不同的理论基础，但都是中国古代传统风水文化的重要组成部分，两者在风水学上都有着重要的实践意义。
两种理论之间的联系还有着密切的关系，它们合理结合起来使用，可以增加风水布局的准确性，达到更为优秀的效果。